왜구가 곧 한양까지 쳐들어온다는 소식에 모두 피난을 떠날 준비를 한다. 허준은 다른 내의원들의 반대를 무릅쓰고 대궐에 남아있는 희귀 의서와 병부들을 지키고자 한다.한편, 허준은 집으로 가던 중 화가 난 백성들과 마주치는데...